Na ocasião do desastre do vapor Hermes na madrugada do dia 28 de novembro de 1861, na costa de Macaé, o jornal Correio da Tarde, fez o seguinte necrológico:

"Dentre as vítimas, que veio lançar o luto no seio de muitas famílias, não podemos deixar de mencionar especialmente o Sr. Dr. Manoel Antônio de Almeida, cuja morte prematura roubou à imprensa fluminense e às letras pátrias um dos seus representantes, que mais honra lhes dava".

Sobre a morte do autor de "Memórias de um Sargento de Milícias", o renomado escritor José Veríssimo escreveu:

"Com ele, pode dizer-se, naufragou a talvez mais promissora esperança do romance brasileiro".

Ao norte da província do Rio de Janeiro, o governo estava para inaugurar o mais longo canal do Império. A escoação da produção agrícola campista esteve sempre atravancada pela foz estrangulada do rio Paraíba. Havia necessidade de grandes navios para embarcar a abundante produção agrícola. Mas estes só poderiam ancorar com segurança, bem mais ao sul (depois do Cabo de São Tomé), isto é, no porto de Imbetiba, em Macaé. E assim o longo canal Campos-Macaé, foi aberto a braço escravo, para escoar a riqueza campista. Seria um dia festivo, pois junto com a comemoração de abrir-se uma via de comunicação com o município de Campos, era o aniversário de Dom Pedro II.

O município nortista vivia bons momentos. A produção de açúcar no ano de 1861 excedeu as esperanças, e muitos fazendeiros de Campos chegaram a perder muita cana, não por causa da seca, mas por faltar-lhe materialmente o tempo para moê-la. A safra de legumes também foi abundante.

Escrevem alguns que Manuel Antônio de Almeida viajou para cobrir a reportagem da inauguração do colossal canal, o que não é verdade, pois ele já estava fora do Mercantil por um bom tempo, outros escrevem que ele foi tratar de assuntos ligados a sua eleição, pois, aproximava-se o dia em que a Província tinha de escolher os deputados à sua assembléia, o que também não parece ser verdadeiro, pelo fato de ele não fazer parte do colégio eleitoral de Campos. Almeida na ocasião exercia a posição de 2º conselheiro oficial da Secretaria de Estado dos Negócios da Fazenda, e acredita-se que por força de sua posição naquela Secretaria, tivesse se deslocado para Campos, a fim de representá-la nas festividades da importante obra para a economia do Império escravocrata. Porém, descobrimos que Manuel Antônio de Almeida, cuja pobreza, somada à necessidade de sustentar mãe e irmãs, levou-o a buscar "um dos lugares da inspetoria itinerante da escola na Província", o que lhe renderia alguns réis, conforme comunica a Quintino Bocaiúva, com quem mantinha correspondência regular. Portanto, acreditamos, que sua ida a Campos tenha sido motivada por sua atividade como inspetor escolar. Tal pesquisa, já fizemos chegar ao conhecimento do presidente da Academia Brasileira de Letras, na qual Manuel Antônio de Almeida é patrono de uma de suas cadeiras.

Muitos dos alegres hóspedes do pequeno vapor Hermes, certamente debruçados na amurada, apreciavam a magnífica baía de Guanabara. Naquele tempo, a paisagem não seria mais encantadora. Na medida que o casco rompia a superfície límpida e prateada das águas da baía, mais se extasiavam com o cenário imponente das montanhas cariocas cobertas por uma vegetação de um verde refrescante. E pouco a pouco, à distancia, se avistavam encimando os morros e em meio ao casario de telhado vermelho, as torres e pináculos, os campanários, as cúpulas das igrejas seicentistas e setecentistas de um Rio oitocentista. As imagens tão íntimas das moradias e dos templos do anedótico e folclórico mundo carioca, abraçado por uma natureza exuberante, Manuel de Almeida as viu pela última vez, quando o vapor começou a procurar o rumo norte do mar da Província. O benquisto Maneco que havia no mês de outubro último, completado 30 anos, olhou para sua cidade e deu o seu último adeus.

Depois de uma viagem, no qual encontrara vento e correntes contrários, o Hermes chegou à enseada de Macaé por volta das 3 horas da madrugada do dia 28 de novembro de 1861, para desembarcar três passageiros, e após uma curta demora, o Hermes zarpou para logo em seguida naufragar, logo após bater na Tábua, escolho situado próximo da praia macaense e que na época ainda não estava cartografado pela Marinha de Dom Pedro II. O que só se sucedeu, após a tragédia. E de lage da Tábua, foi o escolho batizado: "Pedra do Hermes" - hoje o perigoso local encontra-se sinalizado, principalmente por causa do grande fluxo de embarcações em torno do porto de Imbetiba, por conta das atividades da Petrobras.

As cartas dos moradores da cidade de Campos, que chegaram as redações dos jornais da Corte do Rio de Janeiro, após o sinistro, como as próprias notas da imprensa, desabaram-se em denúncias e acusações contra a gerência da companhia e contra o capitão do Hermes. Eis algumas delas:

"Devendo no dia 30 partir da corte o vapor Ceres para Cabo Frio e Macaé, por que razão o Hermes desviou-se de sua derrota contra o anúncio dados aos passageiros. Mas o que é verdade é que este capricho da gerência em favor dos três passageiros para Macaé..." (Correio Mercantil).

"Uma triste realidade veio ontem enlutar a muitas famílias e provar mais uma vez o desleixo e imprevidência com que se fazem geralmente entre nós, os serviços públicos". (Diário do Rio de Janeiro).

"Esta catástrofe foi toda devida à imprudência do comandante. O Hermes nessa viagem não tinha que fazer escala pôr Macaé. Entrou nesse porto por interesse de alguns passageiros a que o comandante quis servir. Como, porém, o desvio da derrota marcado retardava a viagem, e o vapor não poderia chegar à barra de Campos com maré que desse entrada o comandante assentou de seguir em rumo direito, deixando de fazer a volta de costume, e deu com o vapor sobre as pedras. Ficará impune o homem que enlutou tantas vidas?" (A Atualidade).

A imprensa recebeu a lista dos sobreviventes, e certificou que o nome de Manuel Antônio de Almeida ali não se encontrava. O Correio Mercantil, logo pranteou a sua morte, certamente por intermédio do punho de alguém que conheceu Almeida nos anos em que ele lá trabalhou:

"Na lista dos náufragos que escaparam do desastre, não encontramos o nome de um nosso irmão de letras, o Dr. Manoel Antônio de Almeida... Dotado de um talento extraordinário, Almeida adivinhava com alguns momentos de atenção tudo o que não estudava e escrevia sobre assuntos examinados de relance como se de longo espaço os tivesse aprofundado. Apesar de sua imaginação ardente, tinha um estilo rápido e conciso, de sorte que os seus artigos eram admiráveis pela sobriedade da frase, abundância da idéia e beleza da forma. Se a agitação de sua vida não o houvesse desviado da imprensa, Almeida podia ter sido o mais ilustre de nossos jornalistas. Mas esse infeliz mancebo, arcando com a pobreza e tendo de prover a subsistência e futuro de suas irmãs, viu-se obrigado a deixar a carreira de sua predileção, que poucos lucros oferece, roubando entretanto o melhor do tempo, o sossego de espírito e até mesmo as amizades irritadiças. Há um ano que ele vivia como que em desespero, e desanimado dos homens e de si próprio. A viagem que empreendeu era ainda um esforço contra o mau destino. Foi o último: parece que ele pode dizer como Alfieri: Finalmente descanso".

À medida que o tempo passava, os corpos que davam nas praias apresentavam-se irreconhecíveis. Ao sul de Macaé, na praia de Itapebussus, veio dar um cadáver de homem, que beirava uns 25 anos. Também naquela praia apareceram caixões com livros, uma outra caixa contendo objetos de daguerreótipo, uma agulha de marear, alguns lavatórios, entre outros objetos. Consta que bem mais ao sul - na costa de Armação dos Búzios - apareceram dois corpos, um já sem cabeça, o qual foi sepultado no cemitério da capela local e outro de um menino que pelo estado adiantado de decomposição, foi sepultado na mesma praia. Ali também veio dar um baú, que continha roupas.

E o corpo de Almeida foi devolvido pelo mar ?  Uma carta de Macaé publicada no Correio Mercantil, datada de 4 de dezembro e assinada por um tal Dr. Portela, tem a seguinte informação:

"Depois da partida do Ceres, apareceram quatro cadáveres de brancos na praia do Norte, Eu e três companheiros fizemos enterrá-los no cemitério do Barreto; mal sabia eu então que mandava dar sepultura cristã a um amigo nosso. O Dr. Manoel Antônio de Almeida. Quando hoje disseram-me que ele tinha vindo no Hermes e perecido no naufrágio, combinando a marca da roupa (ceroulas e meias) com os traços um pouco desfigurados do seu rosto, que na ocasião me pareceram estranhos, nenhuma dúvida tenho de que era seu um dos corpos que mandamos enterrar no cemitério ..."

Para finalizar, transcrevemos abaixo, o que escreveu o A Atualidade, quando, soube-se que Maneco, não havia sobrevivido na catástrofe do Hermes:

"Cada família que ali perdeu um membro chora hoje esse infortúnio sem remédio. A dor da literatura é das mais intensas e das mais legítimas; também a família dos escritores perdeu ali um de seus filhos que maior honra e mais firmes esperanças lhes dava. Morreu ali um grande talento, um grande caráter e um grande coração."