O Aquidabã era classificado como encouraçado de Esquadra, por ser o navio mais importante da Marinha na época em que foi comprado. Tecnicamente era considerado um dos mais avançados da época, onde chegava a atingir 15 nós com seus motores de 6200 HP à vapor.

Armamento: quatro canhões de retrocarga de 9 polegadas, em duas torres duplas dispostas diagonalmente, uma a boreste e outra a bombordo; quatro canhões de 5 polegadas no convés superior; 15 metralhadoras e cinco tubos para lançamento de torpedos. Como a sua couraça não protegia igualmente todo o navio, chegou a ser apelidado de Encouraçado de Papelão pelo seu primeiro comandante, Capitão-de-Mar-e-Guerra Custódio de Mello.

Em novembro de 1891, o Aquidabã cumpriu um papel decisivo na reação à tentativa de golpe de estado contra o Marechal Deodoro. Foi de um de seus canhões que saiu o tiro de advertência à Esquadra de São Bento, chegando a danificar a cúpula da igreja da Candelária no Rio de Janeiro. O encouraçado atingiu o ápice de sua carreira em 1893, no início da Revolta da Armada, quando abrigou a bordo o Almirante Custódio de Mello, chefe de uma rebelião contra o governo do Marechal Floriano Peixoto. O navio cruzou três vezes a Baía de Guanabara, resistindo à artilharia da costa e, ainda por cima, levando a bordo o oficial que o chamara de Encouraçado de Papelão. A partir daí, seu apelido passaria a ser Casaca de Ferro.

Algum tempo depois o Aquidabã retornaria ao estaleiro para ser transformado em embarcação para experiências de transmissão de telégrafo sem fio. As mudanças foram basicamente, a retirada dos dois mastros militares (instalados durante a reforma), os tubos de torpedo acima da linha d'água e a instalação de um mastro para a transmissão de dados telegráficos.

Em 21 de janeiro de 1906, fundeado na Baía de Jacuacanga, em Angra dos Reis, junto com os Cruzadores Barroso e Tamandaré, o Aquidabã após violenta explosão de um paiol contendo cordite (explosivo usado na épocapara munição), afundou quando faltavam poucos minutos para as 11 horas da noite. Por algum motivo que até hoje se desconhece, o Aquidabã transformou-se numa enorme bola de fogo e partiu-se ao meio, levando para o fundo do mar 212 homens de sua tripulação, inclusive parte da comitiva ministerial que procedia a estudos sobre o novo porto militar, seu comandante, e grande parte da sua oficialidade.

Salvaram-se 98 pessoas. A bordo do Cruzador Barroso, o então Ministro da Marinha, Júlio Cesar de Noronha, viu explodir o encouraçado, a pouca distância, estando entre as vítimas, o seu filho, Guarda-Marinha Mário de Noronha e um sobrinho, o Capitão-Tenente Henrique de Noronha. A história da catástrofe logo se espalhou, virando manchete nos principais jornais de todo o mundo.

Hoje, os destroços repousam a uma profundidade entre 8 e 18 metros, ao largo do monumento inaugurado na Ponta do Pasto (1913) em homenagem às vítimas da tragédia. A visibilidade no local dificilmente ultrapassa os 2 metros, podendo chegar até 5m em dias de muita sorte. Deve-se tomar cuidado em função dos vergalhões expostos.

Após este acidente, a Marinha criou um setor responsável pela identificação dos tripulantes, pois diversos corpos encontrados não puderam ser reconhecidos na época.